原核蛋白表達系統既是最常用的表達系統，也是最經濟實惠的蛋白表達系統。原核蛋白表達系統以大腸桿菌表達系統為代表，具有遺傳背景清楚、成本低、表達量高和表達產物分離純化相對簡單等優點，缺點主要是蛋白質翻譯后缺乏加工機制，如二硫鍵的形成、蛋白糖基化和正確折疊，得到具有生物活性的蛋白的幾率較小。
酵母蛋白表達系統以甲醇畢赤酵母為代表，具有表達量高，可誘導，糖基化機制接近高等真核生物，分泌蛋白易純化，易實現高密發酵等優點。缺點為部分蛋白產物易降解，表達量不可控。
哺乳動物細胞和昆蟲細胞表達系統主要優點是蛋白翻譯后加工機制最接近體內的天然形式，最容易保留生物活性，缺點是表達量通常較低，穩定細胞系建立技術難度大，生產成本高。