格點模型（也簡稱HP模型）,最早是由Dill等人1989年提出的。格點模型可分為二維模型和三維模型兩類。二維格點模型就是在平面空間中產生正交的單位長度的網格,每個氨基酸分子按在序列中排序的先后順序依次放置到這些網格交叉點上,在序列中相鄰的氨基酸分子放置在格點中時也必須相鄰,即相鄰氨基酸分子在格點模型中的距離為1。但是需要注意的是,網格中的每個交叉點最多只能放置一個氨基酸分子,如果序列中的某個氨基酸分子已經放置在此位置上,則后序的氨基酸分子就不可以再放置在這個格點上。如果在放置氨基酸分子的過程中出現當前所要放置的氨基酸分子沒有位置可以放置了,那就說明該構型是不合理的,需要重新放置。三維格點模型和二維格點模型相似,它是在三維空間中產生的單位長度的立體網格。格點中放置氨基酸分子的方法和二維的相同,但在二維格點模型中放置氨基酸分子時除了序列前兩個氨基酸分子外最多只有三個方向可以選擇,而在三維格點模型中復雜度提高了很多,放置氨基酸分子最多可以有五個方向可選。