PTP-1B廣泛存在于脂肪細胞、肝組織細胞、肌組織細胞和上皮細胞多個組織中。熒光免疫原位雜交法表明，PTP-1B主要定位于胞漿內質網組織中，以C末端的35個特異性氨基酸與內質網結合，其N末端含有半胱氨酸和精氨酸殘基，精氨酸殘基的催化中心朝向胞漿。
PTP-1B含有一段240個氨基酸殘基所組成的催化域，其中71個氨基酸殘基是高度保守的，催化活性中心是由11個氨基酸殘基所組成的序列，即（I/V）HCXAGXXR（S/T）G，其中半胱氨酸殘基（Cys215）和精氨酸殘基（Ary221）對PTP-1B酶的活性起著至關重要的作用，若被取代將使酶喪失催化活性。