目前獲取蜂毒肽的方法有3種，化學合成、從粗蜂毒中分離純化和生物工程法。利用化學合成的方法可以獲得具有生物活性的蜂毒肽純品，但其成本太高，并不適合蜂毒肽的生產，實際應用較少。目前，獲取蜂毒肽純品的主要途徑是從粗蜂毒中分離純化。分離純化方法以色譜理論為基礎，隨著色譜技術的發展以及與其他提取工藝的結合，操作成本逐漸降低，產量和純度有所提高。利用生物工程技術可以誘導蜂毒肽基因在工程菌中表達，然后收集純化表達蛋白，從而得到蜂毒肽純品。由于蜂毒肽有破壞細胞膜以及致死細胞毒性，其在工程菌中的直接表達無法實現。面對這個問題，科學家們找到了在工程菌中表達蜂毒肽融合蛋白的方法，并在融合蛋白的選擇及后期分離純化上進行了大量研究，取得較大進展。