腦膿腫應與下列疾病鑒別：
1．化膿性腦膜炎一般化膿性腦膜炎體溫較高，中毒癥狀和腦膜刺激征較明顯，多無定位體征，腦脊液呈化膿性炎癥改變等，不難與腦膿腫鑒別。但若腦膿腫與化膿性腦膜炎相伴隨，則臨床上兩者難以嚴格區別，可采用腦CT加以鑒別。
2.耳源性腦積水多因中耳感染、乳突炎和橫竇血栓形成所致。其特點為顱內壓增高而缺少定位體征，病程較長。可采用腦CT檢查來與小腦膿腫區分（如無腦CT，也可采用腦室造影）。或小心行腰椎穿刺，壓病灶側頸靜脈，如不引起腦脊液壓力增高，則提示該側橫竇阻塞（TobeyAyer試驗）。本病經藥物抗炎，脫水多能緩解。
3．化膿性迷路炎為中耳炎并發癥，可出現眼顫、共濟失調和強迫頭位，頗似小腦膿腫。但本病眩暈較頭痛嚴重，眼底水腫，無病理征，經藥物治療數周多好轉。
4．腦瘤一般根據病史、CT、MRI可鑒別，有時需手術才能確診。