1.行軍性血紅蛋白尿癥與陣發性寒冷性血紅蛋白尿癥的鑒別較容易。陣發性睡眠性血紅蛋白尿癥可因運動而加劇注意與本癥的鑒別。
2.運動后也可發生肌紅蛋白尿癥患者常有強力的肌痛及壓痛。肌紅蛋白分子量小，易從腎臟排出，發作時血漿結合珠蛋白濃度不降低。小心抽取血漿，肌紅蛋白尿時血漿外觀正常而血紅蛋白尿的血漿為紅棕色，大多發生在肌外傷或肌梗死后。肌紅蛋白能溶解于80%的飽和硫酸銨溶液，而血紅蛋白不溶解。肌紅蛋白由于分子小很容易從尿中排出，故發作時血漿結合珠蛋白濃度不降低。此外，由于兩者的分子量不同，各自的電泳速度也不同且肌紅蛋白能溶于80%的硫酸銨飽和溶液，而血紅蛋白則不能。可依據這些不同的理化特性來鑒別。
3.與陣發性冷性血紅蛋白尿的鑒別：兩者均有血紅蛋白尿，但陣發性冷性血紅蛋白尿是在寒冷情況下發生，行軍性血紅蛋白尿發生前常有長途行車或跑步史，突然排出紅褐色尿，6－12h后，尿色基本正常。