食管穿孔超過24h，常因縱隔及胸膜腔發生腐臭性感染及食管壁嚴重的炎性水腫，多難以完成一期縫合修補。應根據食管穿孔的部位，嚴重程度及身體狀況，采取相應的措施及手術以控制及減少污染來源，促進全身情況好轉及穿孔食管愈合。常用的手術方法有補片修復食管穿孔術，頸、縱隔或胸腔引流術，全胸段食管切除術，頸部食管及胃造口術，食管腔內置管術等。
破口在下胸段及腹段食管可用膈肌瓣、胃底或帶蒂空腸移植片修復破口，不必試圖對攏縫合破口邊緣，而是將補片或移植片蓋在破口上，四周縫合于健康的食管壁上。
