西羅莫司僅供對免疫抑制療法和處理腎移植患者有經驗的醫師使用。接受此藥物的患者應在配備相應的實驗室和輔助的醫療設施及人員的機構內進行治療。負責維持治療的醫師應有患者隨訪所必備的完整資料。
建議西羅莫司與環孢素和皮質類固醇聯合使用。
西羅莫司用于口服，每日1 次，固定地與或不與食物同服。
因為壓碎、咀嚼或切開后的片劑的生物利用度尚未確定，因此不推薦這樣的使用方法。應給不能服用片劑的患者處方口服溶液并指導使用方法。
移植后應盡可能早地開始服用西羅莫司。建議西羅莫司的服用應在服用環孢素口服溶液（改進型）和/或環孢素膠囊（改進型）[環孢素微乳劑（改進型）]4 小時后（見[藥物相互作用]）。
根據不穩定的西羅莫司血藥濃度頻繁調整西羅莫司劑量有可能導致用藥過量或用藥不足，因為西羅莫司的半衰期較長。一旦西羅莫司的維持劑量被調整，患者至少應在新的維持劑量下堅持服用7~14天，然后再在血藥濃度監測下進行進一步的劑量調整。在大部分患者中，劑量調整可以依據簡單比例計算：新的西羅莫司劑量=當前的劑量×（目標血藥濃度/當前血藥濃度）。當需要大幅度提高西羅莫司的谷濃度時，可考慮在新的維持劑量基礎上給予一劑負荷劑量：西羅莫司負荷劑量=3×（新的維持劑量－當前維持劑量）。西羅莫司的最大給予劑量不可超過 40mg/日。如果估計西羅莫司一日的服用劑量由于額外的一劑負荷劑量而超過 40mg，可將負荷劑量在兩天以上給予。服用負荷劑量后，西羅莫司的谷濃度至少應在 3～4天后進行監測。
已證明 2mg西羅莫司口服溶液與 2mg西羅莫司片臨床等價，因此，可以等量互換。但是，更大劑量的西羅莫司口服溶液與更大劑量的片劑的臨床等價性尚不可知（見 【藥代動力學】）。
為使西羅莫司的吸收差異降至最小，本藥應恒定地與食物或不與食物同服。西柚汁可減緩由CYP3A4介導的西羅莫司的代謝和潛在加強由 P-糖蛋白（P-gp）介導的西羅莫司從小腸上皮細胞向腸腔的逆轉運，因而不可用于送服西羅莫司。