正常角膜即使將培養的真菌液滴入眼內，也不會引起FK，只有在角膜上皮遭到損傷或眼部免疫功能低下的情況下，才會引起真菌機會感染。常見的發病危險因素有以下幾種：
(1)植物性眼外傷：以稻谷傷最常見，其次是植物枝葉擦傷和塵埃、泥土、砂石等異物所致。
(2)糖皮質激素滴眼：長期應用不但可引起角膜表層點狀糜爛，促進結膜囊內真菌異常增殖，還可導致眼部免疫功能低下，引起真菌的機會性感染。
(3)廣譜抗菌藥應用：長期局部和全身應用抗菌藥，可引起結膜囊內菌交替癥發生，促進真菌生長。
(4)配戴角膜接觸鏡(軟性角膜接觸鏡和0K鏡)可直接因為角膜上皮糜爛或上皮擦傷引起真菌感染，也可以通過被真菌污染的保存液或清潔液引起感染。
(5)長期抗癌藥和免疫抑制藥的全身應用可造成宿主免疫功能低下，導致真菌的機會感染發生。