由于谷氨酰轉肽酶在肝內主要存在于肝內膽管上皮和肝細胞漿中，肝外膽管和肝內梗阻時，就會造成谷氨酰轉肽酶排泄受阻，隨膽汁返流入血，致使血清谷氨酰轉肽酶異常
除了肝臟外，體內如腎、肺、睪丸、心、腦、肌肉也都含有谷氨酰轉肽酶，因此當腎盂腎炎、大葉性肺炎、乙型腦炎、心肌炎、膽囊炎、血吸蟲病等，都會造成谷氨酰轉肽酶的異常。
藥物過敏，以及藥源性或中毒性肝損害都能夠造成谷氨酰轉肽酶異常的。
患有膽囊及胰腺疾病、膽管阻塞，因為谷氨酰轉肽酶是從膽管排泄的，以上疾病也可導致谷氨酰轉肽酶異常。
妊娠中毒癥、妊娠急性脂肪肝等，甚至正常妊娠有時也是谷氨酰轉肽酶異常的常見原因。