1.心絞痛
多由勞累誘發，而賁門失弛緩癥則為吞咽所誘發，并有咽下困難，此點可資鑒別。
2.食管神經官能癥（如癔球癥）
大多表現為咽至食管部位有異物阻塞感，但進食并無梗噎癥狀。食管良性狹窄和由胃、膽囊病變所致的反射性食管痙攣。食管僅有輕度擴張。
3.食管癌、賁門癌
癌性食管狹窄的X線特征為局部黏膜破壞和紊亂；狹窄處呈中度擴張，而賁門失弛緩癥則常致極度擴張。
4.繼發性賁門失弛緩癥
賁門失弛緩癥有原發和繼發之分，后者也稱為假性賁門失弛緩癥，指由胃癌、食管癌、肺癌、肝癌、胰腺癌、淋巴瘤等惡性腫瘤、南美錐蟲病、淀粉樣變、結節病、神經纖維瘤病、嗜酸細胞性胃腸炎、慢性特發性假性腸梗阻等所引起的類似原發性賁門失弛緩癥的食管運動異常。