如今，超高效液相色譜儀主要應用于
（1）藥物分析 如天然產物中復雜組分的分析
（2）生化分析 如蛋白質、多肽、代謝組學等生化樣品
（3）食品分析 如食品中農藥殘留的檢測
（4）環境分析 如水中微囊藻毒素的檢測
（5）其他 如化妝品中違禁品的檢測
超高效液相色譜儀尤其對中藥研究領域的發展是一個極大的促進。中藥的組分復雜，分離困難等問題都可以通過超高效液相色譜法逐漸解決。在同樣條件下，UPLC能分離的色譜峰比HPLC多出一倍還多。在同樣條件下，UPLC的分辨率能夠認出更多的色譜峰。
相信在分析實驗室中超高效液相色譜會越來越普及，讓液相色譜法得到飛躍和進步。