1.軀體疾病
有些軀體疾病在早期可能難以找到客觀的醫學證據，因此，軀體化障礙的診斷要求病程2年以上，以便自然排除各類軀體疾病所引起的軀體不適。臨床上，對年齡超過40歲而首次表現軀體不適為主要癥狀者，一定要謹慎，不要根據患者有心理誘因、初步檢查未發現陽性體征、有一定的暗示性等就輕易做軀體化障礙的診斷。
2.抑郁癥
抑郁癥常伴有軀體不適癥狀，而軀體化障礙也常伴有抑郁情緒。鑒別時一方要考慮癥狀發生的先后；另一方面，要分析癥狀的特性。如為重性抑郁，尚有一些生物學方面的癥狀，如早醒、晨重夜輕的節律改變，體重減輕及精神運動遲滯、自罪自責，消極言行等癥狀可資鑒別。
3.精神分裂癥
早期可有疑病癥狀，但其內容多離奇、不固定，常有思維障礙和情感障礙，患者并不積極求治，可資鑒別。
4.疑病癥
軀體化障礙患者關注的重點是癥狀本身及癥狀的個別影響，患者要求治療以消除癥狀，患者常有過度使用藥物的現象；而疑病癥更多指向潛在進展性的嚴重疾病過程及其致殘致死結果，患者傾向于要求檢查以確定或證實潛在的疾病，患者通常害怕藥物及其副作用。