轉座子在原核生物和真核生物中普遍存在，、細菌有兩類典型的轉座子：簡單轉座子和復合轉座子。
1．簡單轉座子（ simple transposon） 又稱插入序列（IS），是結構最簡單的轉座子，長度為700~1531bp，由轉座酶基因序列和兩端長度為9～41bp的反向重復序列構成，其中反向重復序列是轉座酶識別位點。
2．復合轉座子（ composite transposon） 除了含轉座酶基因序列和反向重復序列之外，還含與轉座功能無關的其他基因序列，這些基因常常賦予宿主細胞某種表型，例如抗性基因賦予宿主細胞抗藥性。復合轉座子可以進一步分類，例如Tn3轉座子就是一種含氨芐青霉素抗性基因的復合轉座子。