轉錄的調節控制是基因表達調節控制中的一個重要環節。促進基因轉錄叫正調節，抑制基因轉錄叫負調節。
在原核生物方面1961年F.雅各布和J.莫諾提出的操縱子學說，得到許多人的驗證和充實。操縱子通常的調控方式為：
①誘導和阻遏作用；
②環腺苷酸（CAMP）和降解物活化蛋白（CAP）的調節作用；
③弱化作用。
對真核細胞基因轉錄的調節控制目前知道得很少。同種高等生物每個個體的各個體細胞都有全套相同的基因，只是由于在發育過程中基因表達的調節控制（包括轉錄的調節控制）不同，因而發育成各種不同的組織和器官。目前認為，動物（包括人）都含有癌基因，但有的致癌，有的則不致癌，這也可能是由于轉錄與翻譯的調控不同。另外，真核DNA中的結構基因只占總量的10%左右，大部分DNA順序都可能起調節控制作用。真核生物也有誘導酶和誘導蛋白質，如干擾素就是由病毒或雙鏈RNA等誘導產生的一種蛋白質。