腸神經官能癥的診斷必須在排除癥狀相似的器質性疾患，如慢性菌痢、腸結核、結腸癌、結腸憩室病、血吸蟲病、局限性腸炎及盆腔疾患等疾病后，才能考慮本病。以下幾點有助于腸神經官能癥的診斷：
1、病程漫長，但對健康狀況的影響一般不很嚴重；
2、夜間入睡后一切癥狀消失，很少因腹痛、腹瀉使病人醒覺；
3、常同時伴有其他神經衰弱癥狀。腸道癥狀的發生和惡化每與精神應激或情緒波動有關，并可用暗示療法（如采用新的藥品和療法等）暫時消除；
4、各種客觀檢查沒有器質性疾病的證據。
