連鎖不平衡 (linkage disequilibrium)是指分屬兩個或兩個以上基因座位的等位基因同時出現在一條染色體上的幾率,高于隨機出現的頻率。HLA 不同基因座位的各等位基因在人群中以一定的頻率出現。簡單地說,只要兩個基因不是完全獨立地遺傳,就會表現出某種程度的連鎖。這種情況就叫連鎖不平衡。連鎖不平衡可以是同一條染色體上的不同區域,也可以是不同染色體上的。