酵母單雜交技術是一種研究蛋白質和特定DNA序列相互作用的技術方法，主要包括四個流程即：一、篩選含有報告基因的酵母單細胞株；二、構建表達文庫；三、重組質粒轉化至酵母細胞；四、陽性克隆菌株的篩選。
由于插入的靶元件與酵母內源轉錄激活因子可能發生相互作用，或插入的靶元件不需要轉錄激活因子就可以激活報告基因的轉錄，因此往往產生假陽性結果。如果酵母表達的AD融合蛋白對細胞有毒性，或融合蛋白在宿主細胞內不能穩定地表達，或融合蛋白發生錯誤折疊，或者不能定位于酵母細胞核內，以及融合的Gal4AD封閉了蛋白質上與DNA相互作用的位點，則都可能干擾AD融合蛋白結合于靶元件的能力，從而產生假陰性結果。