酸性多肽按其來源可分為自然分泌類和人工合成兩大類別。
自然分泌類
其中自然分泌的酸性多肽主要來自于各種動植物的腺體分泌物（激素）。比如對人體來說，下丘腦、垂體、甲狀旁腺、胰島、胃腸道內壁腺體等的分泌物多屬于酸性多肽，如降鈣素、甲狀旁腺素、胸腺素、胰高血糖素、促胰液素、縮膽囊素、胃泌素、抗利尿激素、縮宮素、生長激素、催乳素等，又如吸血水蛭唾液腺里分泌的水蛭素等。
人工合成類
人工合成的酸性多肽主要是利用各類酶對蛋白質的水解制備，比如用常見的蛋白水解酶對大豆蛋白進行特定條件下的水解，再經過修飾即可得到大豆多肽。
此外，少數酸性多肽也可以通過氨基酸進行定向合成，如我國在1965年在世界上首次通過氨基酸人工合成的牛胰島素，就是酸性多肽的一種。