１、醋酸纖維素薄膜電泳— 電量的選擇
電泳過程應選擇合適的電流強度，一般電流強度為0.4mA/cm—0.5mA/cm寬膜為宜。電流強度高，尤其在溫度較高的環境中，可引起蛋白質變性或由于熱效應引起緩沖液中水分蒸發，使緩沖液濃度增加，造成膜片干涸。電流過低，則樣品泳動速度慢且易擴散。
２、醋酸纖維素薄膜電泳— 染色液的選擇
對醋酸纖維薄膜電泳后染色應根據樣品的特點加以選擇。其原則是染料對被分離樣品有較強的著色力，背景易脫色；應盡量采用水溶性染料，不宜選擇醇溶性染料，以免引起醋酸纖維素膜溶解。
應控制染色時間。時間長，薄膜底色深不易脫去；時間短，著色淺不宜區分，或造成條帶染色不均，必要時可進行復染。
３、醋酸纖維素薄膜電泳— 透明及保存
透明液應臨用前配制，以免冰乙酸及乙醇揮發影響透明效果。這些試劑最好選用分析純。透明前，薄膜應完全干燥。透明時間應掌握好，如在透明乙液中浸泡時間太長則薄膜溶解，太短則透明度不佳。
透明后的薄膜完全干燥后才浸入石蠟中，使薄膜軟化。如有水，則液體石蠟不易浸入，薄膜不易平展。