所謂重疊基因（overlapping gene）是指兩個或兩個以上的基因共有一段DNA序列，或是指一段DNA序列成為兩個或兩個以上基因的組成部分。重疊基因有多種重疊方式。例如，大基因內包含小基因；前后兩個基因首尾重疊一個或兩個核苷酸；幾個基因的重疊，幾個基因有一段核苷酸序列重疊在一起，等等。重疊基因中不僅有編碼序列也有調控序列，說明基因的重疊不僅是為了節約堿基，能經濟和有效地利用DNA遺傳信息量，更重要的可能是參與對基因的調控。
重疊基因(overlapping gene ): 原來人們認為在同一段DNA 序列內是不可能存在重疊的讀碼結構的。但是，1977 年，Weiner 在研究病毒的基因結構時，首先發現了基因的重疊現象。基因的重疊性使有限的DNA 序列包含了更多的遺傳信息，是生物對它的遺傳物質經濟而合理的利用，使較小的基因組能夠攜帶較多的遺傳信息。重疊基因是在同一部分DNA 序列具有即同一段DNA 片段能夠編碼兩種甚至多種蛋白質分子。只要讀合成兩種不同蛋白質的信息，碼移動1個或2 個核苷酸，就有可能改變兩種不同蛋白質的轉錄和翻譯的過程。這種現象在其他的生物細胞中僅見于線粒體和質粒DNA，所以也可以認為是病毒基因組的結構特點。細菌mRNA( 多順反子mRNA) 能編碼起始區，例如E.coli 的trpE和D 基因。