重復基因經常被分為兩種類型：
（1）：中等重復DNA序列（moderately repetitive DNA）。由相對較短的序列組成。在基因組中，其重復次數一般在10~1000次。這些序列遍布整個基因組，并負責mRNA前體剪接時二級結構的形成（這是內含子中的反向重復序列配對形成雙鏈體區域）。
（2）：高度重復DNA序列（highly repetitive DNA）由基因組中非常短的序列（一般小于100bp)組成，重復次數達幾千次，一般組成長的串聯重復序列。
這兩種類型的重復序列都不能編碼蛋白質。