金針菇曲霉病菌的無性世代屬于半知菌亞門，包括黃曲霉菌和黑曲霉菌兩種病菌。在馬鈴薯蔗糖瓊脂平板培養基上生長的菌落顏色不一樣，黑曲霉菌的菌落為灰白色，絨狀，逐漸轉為黑色，在培養基上出現鮮黃色著色區。分生孢子梗直立生長，在梗頂形成分生孢子頭，分生孢子短棒狀，梗頂串生分生孢子。
金針菇曲霉病的發病特點： 該病菌分布廣泛，生活在有機質中，靠氣流傳播，在菌種生產中培養基滅種不徹底，會引起曲霉菌的污染。栽培過程中，培養料含水量偏高，空氣濕度較高，菇房通風不良有利于曲霉菌的污染。試管菌種保存在通風不良溫度高的環境下，其棉花塞上容易發生曲霉菌。