calpastatin是高效的、專一的calpain活性抑制劑，并且在大多數組織中，calpastain的濃度可抑制calpain的活性。當calpain被Ca2+ 激活，如果附近有calpastatin存在，將迅速與之結合，影響u-calpain的自溶穩定性，抑制calpain活性，從而保證calpain對底物只進行局部的特定位點的水解（Roman等，1999）。鈣蛋白酶抑制蛋白與鈣蛋白酶結合后，降低calpain的活性，可能起到防止鈣蛋白酶被隨機激活的作用。一些抑制劑可以以共價鍵的方式與酶的巰基牢固結合，使酶失去活性，如碘乙酰胺、碘乙酸、E-64等可對calpain發生不可逆抑制作用。根據這些特性，人工合成一些多肽以抑制calpain的活性，如leupeptin、三肽氯甲基酮，它們在P2位點都含有亮氨酸，對calpain發生競爭抑制作用。