（一）雙歧桿菌屬（bifidobacterium）
為革蘭氏陽性厭氧桿菌，具分叉末端，主要寄居于腸道及齦下菌斑。其致病作用目前尚不清楚。
在正常情況下，雙歧桿菌無致病作用，和人保持著和諧的共生關系，據研究報道它具有一系列生理作用，如合成維生素、與其他厭氧菌在粘膜表面形成生物屏障、防止外襲菌、刺激免疫功能、激活巨噬細胞、提高宿主抗感染能力及抗腫瘤等功能。已研制成生物制劑應用物臨床，在防治生態失調和防老防癌等方面取得一定效果。
（二）乳桿菌屬（lactobacillus）
乳桿菌屬乳酸桿菌科，因發酵糖產生大量乳酸而命名。存在廣泛。嗜酸性，最適ph5.5～6.0,ph3.0～4.5仍能生存，在無芽胞桿菌中其耐酸力最強。
婦女青春期陰道內乳酸桿菌可分解分泌物中的糖產酸，抑制致病菌的生長。腸道乳酸桿菌可分解糖產酸，抑制致病菌及腐敗菌的繁殖，乳酶生即由活的乳酸桿菌制成，可治療消化及腹瀉。酸牛奶中的乳酸桿菌也有抑制腸道致病菌的作用。
乳酸桿菌是否為齲齒病原，目前仍無肯定結論，但齲齒活動狀態與唾液乳酸液桿菌計數之間有明確的相互關系。
（三）丙酸桿菌屬（Propionibacterium）
革蘭陽性、多形性桿菌，無動力、無芽胞。30℃～37℃生長迅速，觸酶通常陽性。代謝產物主要是大量丙酸和乙酸。丙酸桿菌是皮膚正常菌群成員。臨床常見的是痤瘡丙酸桿菌（P. acnes），可因外傷、手術引起皮膚軟組織感染。