一、輔助檢查
1.糞便檢查：大便呈暗紅色，有糞質，帶血、膿或粘液，呈腥臭。
2.乙狀結腸鏡檢查：如糞檢陰性，乙狀結腸鏡檢查有很大診斷價值。潰瘍常較表淺，、覆有黃色膿液。潰瘍邊緣略突出，稍見充血，自潰瘍面刮取材料作顯微鏡檢查，發現病原體的機會較多。
3.阿米巴肝膿腫：腹部B超檢查可見到病灶。
二、鑒別診斷
應與其他原因引起的腸道疾病相鑒別，尤其是細菌性痢疾，尚有腸結核、血吸蟲病、結腸炎、結腸癌及其他腸道原蟲感染亦可與腸阿米巴病混淆。潰瘍病、膽囊病、結腸息肉等須與有不明確腹痛及腸出血者區別。綜合運用以上診斷方法，鑒別不難。