隱孢子蟲病的免疫學診斷近年發展較快，具有彌補糞檢不足的優點，可提高檢出率。糞便標本的免疫診斷法采用ELISA技術檢測糞便中的卵囊抗原，具有特異性高、敏感性好的優點，適用于對輕度感染者的診斷和流行病學調查。此外，血清標本的免疫診斷尚可檢測隱孢子蟲特異性抗體。在癥狀發作的2周內，大多數患者的血清中IgM或IgG滴度升高，一般可持續很長時間，流行區患者IgM持續升高提示反復暴露。
