本蟲主要寄生于小腸上皮細胞的刷狀緣納蟲空泡內。空腸近端是蟲體寄生數量最多的部位，嚴重者可擴散到整個消化道。亦可寄生在呼吸道、肺臟、扁桃體、胰腺、膽囊和膽管等器官。臨床癥狀的嚴重程度與病程長短亦取決于宿主的免疫功能狀況。免疫功能正常宿主的癥狀-般較輕，潛伏期一般為3~8天，急性起病，腹瀉為主要癥狀，大便呈水樣或糊狀。嚴重感染的幼兒可出現噴射性水樣便，而且糞便的量多。常伴有痙攣性腹痛、腹脹、惡心、嘔吐、食欲減退或厭食、口渴和發熱，少數病人遷延1~2個月或轉為慢性反復發作。
隱孢子蟲病呈世界性分布。迄今已有74個國家，至少300個地區有報道。各地感染率高低不一，一般發達國家或地區感染率低于發展中國家或地區。在與病人、病牛接觸的人群和在幼兒集中的單位，隱孢子蟲腹瀉暴發流行時有發生。其中，2歲以下的嬰幼兒發病率較高，畜牧地區多于非牧區，旅游者多于非旅游者。