指病因不明，臨床上無法確定其感染源。可能原發感染灶和腦內繼發病灶均較輕微或機體抵抗力強，炎癥得到控制，未被發現，但細菌仍潛伏于腦內，一旦機體抵抗力下降，即可發病。因此，這類腦膿腫實質上為血源性腦膿腫，此類腦膿腫在全部腦膿腫中所占的比率有逐漸增高的趨勢。在無CT檢查之前診斷困難，常易誤診。
腦膿腫除細菌感染外還有真菌、原蟲、寄生蟲等引起的腦膿腫。近年來因免疫功能損害引起的腦膿腫的報道日漸增多。
