霉菌性食管炎應防治相結合,特別應預防醫源性因素所致的感染,嚴格掌握抗生素、激素使用的適應證,以減少該病的發生。治療方法較多,用中藥錫類散、云南白藥、大蒜素等治療,西藥制霉菌素、二性霉素B、酮康唑、氟康唑、伊曲康唑等抗霉菌治療均有效。