分離純化工藝主要有溶劑外加能量協助提取法、提取重結晶法、超臨界CO2萃取法和溶劑提取層析法。
溶劑提取重結晶法一般采用的溶劑汽油法，乙醇法和堿水提取酸沉淀法進行生產，此類方法明顯增加了青蒿素植物的有效利用率。
堿水提取酸沉淀法：取一定量的青蒿枝葉干粉加入乙醇攪拌浸提，得到乙醇提取液，減壓干燥，將其溶于乙醚-水兩相溶液中，分別得到青蒿素和青蒿酸。此種方法的青蒿酸收率達到90%，青蒿素的提取率為57%。
乙醇法：取一定量的青蒿枝葉干粉，用稀乙醇浸泡24h，得到乙醇提取液，將其注入連續萃取裝置，再用含苯和乙酸乙酯的溶劑汽油萃取，得到醇相和萃取相，醇相可循環使用，萃取相用活性炭脫色，過濾，回收溶劑，然后得到濃溶液，再冷卻結晶得到青蒿素粗晶物，再用乙醇重結晶得到青蒿素成品。此方法有收率較高，成本較低，步驟較少，操作簡單，安全等優點。
溶劑汽油法：取一定量的青蒿枝葉干粉，用8～10倍120號溶劑汽油浸泡3次，得到溶劑汽油提取液，再減壓濃縮并放置結晶，得青蒿素粗品，用少量120號溶劑汽油多次洗滌，50%乙醇醇結晶2～3次，最終得到青蒿素白色針晶。此種方法工藝步驟簡便，容易大批量生產使用。
溶劑提取層析法有三種提取方法，分別是丙酮-硅膠柱層析法、低沸汽油-超短粗型球狀擴孔硅膠層析法、乙烷提取-乙烷/乙腈-硅膠柱層析法。