厭氧鏈球菌性肌炎的致病菌是消化鏈球菌，廣泛存在于自然界中，是人、畜口腔、腸道和泌尿生殖道和皮膚的正常菌群之一，故屬于條件致病菌。它有9個種屬，在外科感染中重要的是厭氧消化鏈球菌、微小消化鏈球菌、不解糖消化鏈球菌和大消化鏈球菌。它們常和需氧菌（如B族鏈球菌腸桿菌、葡萄球菌等）或其他厭氧菌（如類桿菌等）形成混合感染。（厭氧鏈球菌性肌炎幾乎都是混合感染）其致病物主要為強有力的外毒素和一系列高度活性的酶類。污染較重的創傷和手術是最常見的誘發因素，局部肌肉缺血、缺氧也容易誘發該病。
