非結核分枝桿菌是否有致病性可用抗煮沸試驗加以區別。非致病株煮沸1min即失去抗酸性，而致病株能耐10min，甚至高壓滅菌亦不失去抗酸性。結核分枝桿菌和非結核分枝桿菌的鑒別，除熱觸酶試檢外，可將菌苔置含鹽水小滴的玻片上研磨，前者不易乳化而后者容易乳化。
由于許多非結核分枝桿菌菌株對常用的異煙肼、鏈霉素等耐藥，但對利福平有一定敏感性；現多主張用利福平、乙胺丁醇和異煙肼聯合使用。潰瘍分枝桿菌則僅對卡那霉素等氨基糖苷類抗結核菌藥物敏感。但鳥-胞內分枝桿菌耐藥性強；有報道分出的23株全部對上述藥物耐藥；而通過結構改造的新型紅霉素，如克拉紅霉素在體內外有很好的抗結核菌活性，可破壞細胞壁和細胞膜結構，對鳥-胞內分枝桿菌血培養清除率達62%?98%。
非結核分枝桿菌經治療后也常出現L型，耐藥性增高，有的經多年治療不愈。且L型往往因細胞壁脂質缺失不易致敏淋巴細胞，結核菌素試驗可呈陰性，診治時應多加注意。