厭氧菌感染常常發生在先有血管或組織損傷的情況下﹐組織壞死或需氧菌感染使局部缺氧﹐有利于厭氧菌的生長繁殖﹐因此很多厭氧菌感染均系內生性。厭氧菌常與需氧菌一起形成混合性感染。故非芽孢性厭氧菌是條件性致病菌。最常見的致病非芽孢性厭氧菌是消化球菌屬﹑消化鏈球菌屬的種類﹑厭氧鏈球菌和脆弱擬桿菌等。
非芽孢性厭氧菌不形成芽孢﹐這點有別于肉毒桿菌﹑破傷風桿菌和難辨梭菌等厭氧芽孢桿菌(梭狀芽孢桿菌)。非芽孢性厭氧菌正常情況下即存在于人的口腔﹑呼吸道﹑胃腸道和皮膚﹑陰道。其存在對人體有利﹐腸道內的厭氧菌可產生乙酸和酪酸﹐從而抑制致病菌(如綠膿桿菌)的生長。脆弱擬桿菌又能合成維生素K﹐供人利用。厭氧菌常與需氧菌混在一起﹐且厭氧菌占絕對優勢﹐在牙齦和大腸內﹐厭氧菌和需氧菌正常的比例是1000﹕1﹐而在唾液﹑胃﹑小腸﹑陰道二者是10﹕1。