順式作用元件是指與結構基因串聯的特定DNA序列，是轉錄因子的結合位點，它們通過與轉錄因子結合而調控基因轉錄的精確起始和轉錄效率。
在分子遺傳學領域，相對同一染色體或DNA分子而言為“順式”（cis）；對不同染色體或DNA分子而言為“反式”（trans）。
順式作用元件是轉錄調節因子的結合位點，包括啟動子、增強子和沉默子。真核基因啟動子是原核啟動序列的同義語。真核啟動子是指RNA聚合酶及轉錄起始點周圍的一組轉錄控制組件，每個啟動子包括至少一個轉錄起始點以及一個以上的功能組件，轉錄調節因子即通過這些機能組件對轉錄起始發揮作用。在這些調節組件中最具典型意義的就是TATA盒子，它的共有序列是TATAAA。TATA盒子通常位于轉錄起始點上游-25至-30區域，控制轉錄的準確性和頻率。TATA盒子是基本轉錄因子TFⅡD結合位點；TFⅡD則是RNA聚合酶結合DNA必不可少的。除TATA盒子外，GC盒子（GGGCGG）和CAAT盒子（GCCAAT）也是很多基因中常見的，它們位于起始點上游-30至-110bp區域。 所謂增強子就是遠離轉錄起始點、決定組織特異性表達、增強啟動子轉錄活性的特異DNA序列，其發揮作用的方式與方向、距離無關。增強子與啟動子非常相似：都是由若干組件組成，有些組件既可在增強子、又可在啟動子出現。從功能方面講，沒有增強子存在，啟動子通常不能表現活性；沒有啟動子，增強子也無法發揮作用。增強子和啟動子有時分隔很遠，有時連續或交錯覆蓋。
某些基因有負性調節元件在抑制子（沉默子）存在。有些DNA序列既可作為正性、又可作為負性調節元件發揮順式調節作用，這取決于不同類型細胞中DNA結合因子的性質。