血清學試驗敏感性不高，確診依靠內鏡下細胞刷刷取白苔涂片檢查，顯微鏡下見到假菌絲、菌絲及酵母菌。活檢組織學檢查見到真菌成分也具有診斷價值，但敏感性較差。免疫機制受到損害的病人有疼痛性吞咽困難時，要高度懷疑食管念珠菌感染，口腔檢查發現黏膜上有典型真菌口腔炎的白色小點。念珠菌性食管炎病人中見到真菌性口腔炎者占20%～80%。肯定性診斷應在活檢中見到念珠菌侵犯組織。滲出物及組織的細菌學檢查有助于診斷。
