1.骨化纖維瘤
臨床呈緩慢生長，為孤立的損害，侵犯下頜骨多于上頜骨，偶見于額骨和篩骨。X線呈輪廓清晰而膨大透明的外觀，其中心部呈斑點狀或不透明。鏡下，以纖維骨的纖維成分為主，不規則的骨小梁雜亂地分布于纖維基質中，并構成網狀骨的中心，但在板狀骨的外圍與咬合緣有成骨細胞。
2.嗜酸性肉芽腫
為一良性孤立的非腫瘤性溶骨損害，起源于網狀內皮系統。常見于額骨、頂骨和下頜骨。在組織學上，由濃密的泡沫組織細胞組成，伴有不同數量的嗜伊紅細胞和多核巨細胞。組織細胞核含有小囊，嗜伊紅細胞含有細小的空泡，巨細胞為郎罕型和異物型。這些細胞呈灶性集聚。
3.Gardner綜合征
此綜合征為侵犯上下頜骨、顱骨和偶見于長骨的多發性骨瘤，伴有腸息肉、皮樣囊腫、纖維瘤和長骨局灶性波紋狀骨皮質增厚。
4.巨型牙骨質瘤
通常累及下頜骨全部，可致骨皮質膨大，X線檢查表現為濃密的塊狀堆積體。常起于遺傳，在組織學上未發現感染源。
5.外生性骨瘤
副鼻竇惡性腫瘤及囊腫等，均應注意鑒別，以防誤診。
6.其他
多骨型骨纖維異常增殖癥，還應與甲狀腺功能亢進、paget病、神經纖維瘤病及頜骨肥大癥等相鑒別。