高爾基氏體多少可以被看作是細胞的中轉站。進出細胞的脂類、蛋白質等在這里被檢查和處理：來自內質網的囊泡與高爾基體順面融合并將其內容物傾入高爾基體腔。在運向高爾基體反面的過程中這些蛋白質被修飾，這些加工包括糖基化或磷酸化。各類蛋白質會被就其目的地而被標上不同的分子。比如要運送到溶酶體里去的蛋白質被標上甘露糖-6-磷酸鹽。被處理后的蛋白質到達高爾基體的反面后就再被裝在運輸小泡里運到它們最終目的地。小泡的形狀由裝運的蛋白質和其標簽分子決定。
高爾基氏體功能的一個例子是對細胞膜上的糖蛋白的加工。從內質網運來得是簡單的糖化蛋白質。在高爾基體內這些分子上添加或者削減碳氫支鏈，造成眾多不同的帶有碳氫結構的蛋白質。離開高爾基體后它們被囊泡送到細胞膜，與細胞膜融合進入細胞膜。
高爾基氏體在細胞中脂質的運輸以及在溶酶體、植物細胞壁形成的過程中也起重要作用。