如治療后血壓下降，而腦部癥狀及體征持續數日不消失，提示存在腦內其他疾病可能，需與其他急性腦血管病鑒別。
1.出血或缺血性腦卒中
多見于中老年患者，血壓可不高，頭痛癥狀亦可不明顯，但有顱內定位性的癥狀及體征，頭顱CT或MRI有明確的病灶，腦電圖有局限性腦實質損害征象。
2.蛛網膜下腔出血
與高血壓腦病一樣,也可有突發的劇烈頭痛嘔吐腦膜刺激癥狀,部分患者也可有血壓增高意識障礙通常較輕,極少出現偏癱,且腦脊液呈均勻血性等特點,可與高血壓病鑒別。
3.顱內占位性病變
雖有嚴重頭痛,但為緩慢出現,非突然發生,其他顱內壓增高癥狀和局灶性神經體征亦是進行性加重血壓雖可升高,但不及高血壓腦病的顯著增高，可通過腦超聲波,腦血管造影或CT等檢查加以確診。