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  • 發布時間:2024-08-27 15:04 原文鏈接: 關于鳥槍法的特點介紹

      “鳥槍法”優點是速度快,簡單易行,成本較低 [4]。但用它來測序,最終排序結果的拼接組裝不太容易。中國科學家設計出了一種序列組裝軟件,能有效克服“鳥槍法”全基因組測序組裝過程中的困難 [4]。

      在研究中,他們首先在整個水稻基因組上生成許多已知長度的DNA(脫氧核糖核酸)切片,然后使它們按DNA序列的重合區域進行排列。這些切片數量足以覆蓋水稻基因組4次。科學家們接著確定每個切片的堿基對序列,并用計算機程序將其組裝成更長的片段,然后將這些片段排序、裝配成10萬多個被稱為支架的更大組件 [4]。

      他們設計出的軟件重點是通過支架水平上的接近來進行組裝,并采取了獨特的重復序列處理算法,可識別并暫時屏蔽占水稻基因組約40%的重復序列。這樣做的好處是既能減少計算量,又最大限度降低了錯誤拼接的可能性。

      美國珀杜大學植物遺傳學家貝內特澤恩評價說,中國科學家的水稻基因組計劃,“提供了一個有關鳥槍測序法速度和效率的極好范例” [4]。

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