“鳥槍法”優點是速度快,簡單易行,成本較低 [4]。但用它來測序,最終排序結果的拼接組裝不太容易。中國科學家設計出了一種序列組裝軟件,能有效克服“鳥槍法”全基因組測序組裝過程中的困難 [4]。
在研究中,他們首先在整個水稻基因組上生成許多已知長度的DNA(脫氧核糖核酸)切片,然后使它們按DNA序列的重合區域進行排列。這些切片數量足以覆蓋水稻基因組4次。科學家們接著確定每個切片的堿基對序列,并用計算機程序將其組裝成更長的片段,然后將這些片段排序、裝配成10萬多個被稱為支架的更大組件 [4]。
他們設計出的軟件重點是通過支架水平上的接近來進行組裝,并采取了獨特的重復序列處理算法,可識別并暫時屏蔽占水稻基因組約40%的重復序列。這樣做的好處是既能減少計算量,又最大限度降低了錯誤拼接的可能性。
美國珀杜大學植物遺傳學家貝內特澤恩評價說,中國科學家的水稻基因組計劃,“提供了一個有關鳥槍測序法速度和效率的極好范例” [4]。
1999年,Yates研究組提出“鳥槍法”(shotgun),其基本技術路線是針對液體或SDS-PAGE條帶的復雜混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物,然后對肽混合物進行多維毛細管液相色譜分離......
【摘要】鳥槍法串聯質譜蛋白質鑒定策略由于其高可靠和高效率而被廣泛應用于蛋白質組學研究中,這種方法直接對蛋白質混合物進行酶切,以肽段為鑒定單元,繼而推導真實的樣品蛋白質。由于利用質譜圖推導肽段存在一定的......
摘要蛋白質定量是探索疾病發生發展狀況和尋找新藥靶標的重要手段。在shotgun蛋白組學中,目前常用定量方法包括綜合同位素標記后的質譜峰強度方法和無標記定量方法。根據數據類型無標記定量方法可以分為兩類:......
摘要細胞質膜是細胞中重要的細胞器,在肝功能的發揮中具有非常重要的作用.使用蔗糖密度梯度離心純化細胞質膜,通過電子顯微鏡觀察和免疫印跡法檢驗膜的純度.結果顯示,與組織勻漿成分相比,質膜富集了20倍,線粒......