熱式質量流量計響應慢。
被測量氣體組分變化較大的場所，因cp值和熱導率變化，測量值會有較大變化而產生誤差。
對小流量而言，儀表會給被測氣體帶來相當熱量。
對于熱分布式熱式質量流量計，被測氣體若在管壁沉積垢層影響測量值，必須定期清洗；對細管型儀表更有易堵塞的缺點，一般情況下不能使用。
對脈動流在使用上將受到限制。
液體用熱式質量流量計對于粘性液體在使用上亦受到限制。
