除很年幼的兒童和65歲以上的老年人以外，某些慢性病患者發生肺炎球菌感染和重癥肺炎球菌性疾病的危險性也會增加。
慢性心血管病（如充血性心力衰竭和心肌病）患者、慢性肺疾病（如慢性阻塞性肺疾病或肺氣腫）患者、慢性肝病（如肝硬化）患者、糖尿病患者、酒精中毒者或哮喘患者（并發慢性支氣管炎、肺氣腫、或長期使用全身性皮質激素時）發生肺炎球菌疾病的危險性增加。通常此類成年人群的免疫能力正常。
高危患者包括：對多糖抗原的反應性降低者、或由以下原因導致血清抗體濃度加速下降者：免疫抑制狀況（先天性免疫缺陷、人類免疫缺陷病毒[HIV]感染、白血病、淋巴瘤、多發性骨髓瘤、何杰金氏病或一般惡性腫瘤）；器官或骨髓移植；使用烷化劑、抗代謝劑、或全身性皮質激素治療；慢性腎衰或腎病綜合癥。
功能性或解剖性無脾患者（如鐮狀細胞病或脾切除）受肺炎球菌感染的危險性最高，這是由于此種狀況會導致莢膜細菌從血流中的清除能力降低。患有鐮狀細胞病或脾切除的兒童發生死亡率極高的爆發性肺炎球菌敗血癥的危險性增高。