變性DNA常發生一些理化及生物學性質的改變：
1）溶液粘度降低。DNA雙螺旋是緊密的剛性結構，變性后代之以柔軟而松散的無規則單股線性結構，DNA粘度因此而明顯下降。
2）溶液旋光性發生改變。變性后整個DNA分子的對稱性及分子局部的構性改變，使DNA溶液的旋光性發生變化。
3）增色效應(hyperchromic effect)。指變性后DNA溶液的紫外吸收作用增強的效應。DNA分子中堿基間電子的相互作用使DNA分子具有吸收260nm波長紫外光的特性。在DNA雙螺旋結構中堿基藏入內側，變性時DNA雙螺旋解開，于是堿基外露，堿基中電子的相互作用更有利于紫外吸收，故而產生增色效應。
4）浮力密度升高。
5）生物活性改變。