SNP標記是美國學者Lander E于1996年提出的第三代DNA遺傳標記。SNP是指同一位點的不同等位基因之間僅有個別核苷酸的差異或只有小的插入、缺失等。從分子水平上對單個核苷酸的差異進行檢測，SNP 標記可幫助區分兩個個體遺傳物質的差異。人類基因組大約每 1250 bp SNP 出現一次，已有2000多個標記定位于人類染色體，對人類基因組學研究具有重要意義。檢測 SNP 的最佳方法是 DNA 芯片技術。SNP 被稱為第三代 DNA 分子標記技術，隨著 DNA 芯片技術的發展，其有望成為最重要最有效的分子標記技術。