HHV-6原發感染后，其核酸可長期潛伏于體內。HHV-6的核酸主要潛伏在外周血單核細胞、唾液腺、腎及支氣管的腺體內。在一定條件下，HHV-6可被激活，引起再感染。HHV-6激活機制尚不清楚，研究顯示體內存在HIV、EB病毒、麻疹病毒、巨細胞病毒感染時，可激活HHV-6。
（1）幼兒急疹（ES）幼兒急疹是嬰幼兒常見的一種以高熱、皮疹為特點的疾病，多發生于春秋季。典型臨床表現是：①發熱1～5天，體溫多達39℃或更高。②熱退后出疹，皮疹為紅色斑丘疹，分布于面部及軀干，可持續3～4天。部分患兒軟腭可出現特征性紅斑。③其他癥狀：包括眼瞼水腫、前囟隆起、咳嗽、腹瀉、驚厥等。
（2）高熱驚厥及神經系統并發癥兒童原發或再激活HHV-6感染后只有40%表現為ES，60%并不出現典型ES癥狀，而只以發熱為臨床表現。對以發熱為表現的急診患兒的病因學檢查發現，39.6%是由HHV-6感染引起。
（3）非嗜異性傳染性單核細胞增多癥傳染性單核細胞增多癥（IM）是由EB病毒（EBV）原發感染引起的自限性淋巴細胞增生性疾病。HHV-6感染也可引起IM，病患年齡與典型EBVIM相似。發熱，病程較EBV性IM長，部分患者可超過30天。有咽峽炎，扁桃體充血、腫大、覆蓋假膜。肝脾腫大。腹膜后淋巴結腫大。視力模糊。
（4）Kikuchi-Fujimoto（KF）病本病是首先由日本人發現的一種壞死性淋巴結炎性疾病。目前在美國、歐洲及亞洲一些地區均有報道。好發年齡為10～60歲，尤以10～40歲多見。臨床表現以快速進展的頸部淋巴結疼痛或無痛性腫大為其典型癥狀，伴咽痛、畏寒、肌痛等癥狀。除頸部淋巴結腫大外，鎖骨上、腋下、臂淋巴結也可受累，肝脾腫大少見。病理改變以副皮質區的擴大及淋巴濾泡活化為其特點，副皮質區也可消失，擴大及消失的改變可在同一淋巴結內見到。局灶性壞死也是其特點，但并不是其固有特點。
（5）器官移植后感染接受心、腎、肝、骨髓移植的一些病例在移植后一段時間HHV-6IgG抗體可以出現明顯增高。另外研究者曾從移植病例的移植器官、淋巴細胞、巨噬/單核細胞、骨髓、肺組織分離出HHV-6病毒。已經證實，移植后發生的HHV-6感染，其中50%以上為感染再激活。再激活時間在骨髓移植病例平均為移植后80天，范圍39～102天。HHV-6再激活時，臨床上可出現發熱及白細胞減少。骨髓移植后，HHV-6再激活可引發間質性肺炎和腦炎。移植后HHV-6感染的再激活可引發對移植器官的排斥。