腦脊液檢查對本病無確診價值，1/5的患者有單核細胞數增加，一般在50×10/L（500/mm）以下。2/3的病人蛋白增加，一般在2.0g/L（200mg/dl）以下。HIV特異性抗體在鞘內合成及寡克隆帶的出現并不預示疾病在CNS的發展，HIV腦病的其他特征性CSF化驗有：HIV的p24抗原、β2-微球蛋白、Neoptrin、喹啉酸和腫瘤壞死因子等。但從CS中分離到HIV并非CNS有病變的標志。
