人類的主要組織相容性復合體（majorhistocompatibilitycomplex，MHC）稱為HLA復合體，位于第6對染色體的短臂上，長度為4分摩（centimorgan，cM），約為4000kb。整個復合體上有近60個基因座，已正式命名的等位基因278個。根據編碼分子的特性不同，可將整個復合體的基因分成三類：Ⅰ類、Ⅱ類和Ⅲ類基因。
HLA基因結構示意圖
1．類基因區位于著絲點的遠端，主要包括HLA-A、B、C三個位點；新近又提出E、F、G、H、K和L位點。
2．類基因區位于著絲點的近端，是結構最為復雜的一個區，主要由DR、DQ、DP三個亞區構成，每個亞區又有若干個位點。新近又鑒定了DO、DZ、DX三個亞區。
3．類基因區含有編碼補體成分C2、C4、B因子及TNF、熱休克蛋白和21羥化酶的基因。
4．非HLA基因這些基因位于HLA區域內，其功能與HLA相關；目前已經命名的有兩類：LMP（largemultifunctionalprotease，或lowmolicularweightpolypeptides）和TAP（transporterassociatedwithantigenprocessing，或transporterofantigenpeptides）。LMP為蛋白酶體相關基因，由LMP2和LMP7組成；TAP為ABC轉運蛋白基因，包括TAP1和TAP2；它們的功能可能與抗原的處理和遞呈有關。