x線結晶衍射圖顯示，II類分子的α1和β1功能區共同形成一個與I類分子相似的槽型結構的多肽結合區。α1和β1各有一個螺旋，形成槽的兩側壁，其余部分形成片層，構成槽的底部。Ⅱ類分子的多態性也體現在多肽結合槽的側壁和底部，所以其空間構型依編碼基因的不同而異。類分子的抗原結合特性亦與I類分子一樣，特異性不強，每個分子可能與多種肽片結合；但與I類分子不同的是，II類分子肽結合槽的兩端呈開放狀（I類分子的結合槽兩端呈封閉狀），能夠容納較長（10～18個氨基酸殘基）的肽段。
