1.遞減PCR(touchdown PCR)：前幾循環溫度逐漸下降。
2.逆轉錄PCR(RT-PCR)：以由mRNA逆轉錄而來的DNA為模板，由此產生出來的DNA不帶有內含子(基因中不具意義的段落)，常應用于分子克隆技術。
3.熱啟動PCR(hot start PCR)：以高熱活化型核酸聚合酶進行反應，減少非專一性產物。
4.即時PCR(real-time PCR)：PCR過程中利用螢光探針或染料定量檢測，又稱定量PCR(quantitative PCR)。
5.巢式PCR(nested PCR)：先用低特異性引物擴增幾個循環以增加模板數量，再用高特異性引物擴增。
6.多重PCR(multiplex PCR)：在同一個管中使用多組引物。
7.復原條件PCR(reconditioning PCR)：PCR產物稀釋10倍后重新放入原濃度的引物和dNTP等循環3次，以消除產物中的異二聚體。
8.dsRNA合成(dsRNA replicator)：合并使用high-fidelity DNA polymersae、T7RNA聚合酶與Phi6 RNA replicase；從雙股DNA轉錄為對應的雙股RNA(dsRNA)。可應用于RNAi實驗操作。
9.COLD-PCR(co-amplification atlowerdenaturation temperature-PCR):用以檢測突變或特殊等位基因的PCR應用技術。