各工作區域必須配備排風扇、空調、耐腐蝕地面和工作臺面、更衣柜、鞋柜、專用辦公用品、專用工作服和工作鞋、移動紫外燈等，保證安全衛生需要。
根據國家衛生部《臨床基因擴增檢驗實驗室基本設置標準》，各工作區域必備儀器設備如下：
一 試劑儲存和準備區
1．2-8℃和-15℃冰箱
2．混勻器
3．微量加樣器（覆蓋1-1000μl）
4．移動紫外燈（近工作臺面）
5．消耗品：一次性手套、一次性吸水紙、耐高壓處理的離心管和加樣器吸頭（帶濾心）
6．專用工作服和工作鞋
7．專用辦公用品
二標本制備區
1．2-8℃冰箱、-20℃或-80℃冰箱
2．高速臺式冷凍離心機
3．混允器
4．水浴箱或加熱模塊
5．微量加樣器（覆蓋1-1000μl）
6．可移動紫外燈（近工作臺面）
7．超凈工作臺
8．消耗品：與“試劑儲存與準備區”的消耗品相同
9．專用工作服和工作鞋
10．專用辦公用品
如需處理大分子DNA，應具有超聲波水浴儀。
三基因擴增區和產物分析區
1． 全自動定量核酸擴增儀（含計算機、打印機）
2． 微量加樣器（覆蓋1-1000μl）
3． 可移動紫外燈（近工作臺面）
4． 消耗品：與“試劑儲存與準備區”的消耗品相同
5． 專用工作服和工作鞋
6． 專用辦公用品
各工作區域必須有明確的標記，避免不同工作區域內的設備、物品混用。在不同的工作區域應使用不同顏色或有明顯區別標志的工作服，以便于鑒別。當工作者離開工作區時，不得將各區特定的工作服帶出。